Malaşit yeşili (veya malahit yeşili) boyamada kullanılan zehirli bir kimyasal maddelerden biridir. Bu bileşik suda çözündüğü zaman, özellikle deniz canlıları için parazit önleyen, mantar ve bakteriyel enfeksiyonları önleyen ve antiseptik özellikler gösteren bir maddedir. Genel olarak bütün mikropların ve bakterilerin özelliklerini inceleyen bakteriyoloji biliminde boyar madde olarak kullanılmaktadır.

Hayvanlar üzerinde yapılan testler sonucunda malaşit yeşili ile beslenen hayvanlarda kanser oluşumu tespit edilmiştir. Malahit yeşili içeren deniz ürünlerini yiyen kişilerde de bir takım sağlık bozuklukları ve karaciğer tümörü oluşturduğu tespit edilmiştir. Bu nedenle malaşit yeşili boyar maddenin kanserojen olduğu saptanmıştır.

Bugün bazı ülkelerde, malaşit yeşili ucuz olduğu ve kolay kullanıldığı için su ürünleri dışında kullanımına izin verilmektedir. Örneğin Amerikan Yiyecek ve İlaç Departmanı (FDA), Çin’den ithal edilen su ürünlerinde malaşit yeşili bulunduğu için bu ülkeden ithalatı yasaklamıştır. Arkasından Çin’de su ürünlerinde bu kimyasal bileşenin kullanımı yasaklanmıştır.

Malaşit kimyasalı, balık yumurtalarında oluşan bir mantar hastalığını önlediği için kullanılmaktadır. Laboratuvarlarda hücrelerin ve kültür örneklerinin analizleri yapılırken boyar madde olarak kullanılmaktadır. Ayrıca pH indikatörü olarak da kullanılmaktadır.

Gıda, Tarım ve Hayvancılık Bakanlığı tarafından 2010 yılında balıklarda malaşit yeşili ve löko malaşit yeşili kalıntı analizleri yapılması amaçlanmış ve bu proje kapsamında LC-MS/MS kromatografik analiz yöntemi geliştirilmiştir. Bu yöntem, 2002/657/EC direktifi ile getirilen kalıntı denetleme için yeni analitik standartları esas almıştır.

Laboratuvarlarda, kimyasal testler kapsamında su ürünlerinde, malaşit yeşili boyar madde analizleri yapılmakta ve esas olarak LC-MS/MS yöntemi uygulanmaktadır. Sıvı kromatografisi - kütle spektrometresi adı verilen bu yöntem, kütle spektrometresinin kütle analiz yetenekleri ile sıvı kromatografisinin fiziksel ayırma özellikleri biraraya getirilen bir kimyasal analitik yöntemidir.