Aflatoksinler üzerinde yapılan kromotografik çalışmalarda, yakın zamana kadar dört türü biliniyordu. Bunlardan ikisi ultraviyole ışınları altında mavi floresan vermekte ve renklerine göre aflatoksin B1 ve aflatoksin B2 adını almaktadır. Diğer ikisi ise yeşil floresan vermekte ve renklerine göre aflatoksin G1 ve aflatoksin G2 adını almaktadır (B blue, G ise green kısaltmasıdır). Daha sonra sürdürülen çalışmalar sırasında hayvanların sütü ile dışarı çıkan süt toksinleri aflatoksin M1 ve aflatoksin M2 adını almıştır (M milk kısaltmasıdır). Aflatoksin B1, hayvanların karaciğerlerinde metabolize olmakta ve aflatoksin M1, aflatoksin D1, aflatoksin P1 ve aflatoksin Q1 gibi daha az aktif zehirlere dönüşmektedir.

Zehir özelliklerinden dolayı Avrupa Birliği ülkelerinde gıda maddelerinde bulunacak aflatoksin B1 miktarı için sınır getirilmiştir. Bu bileşik gıda maddelerinde mililitrede en fazla 5 ppb, hayvan yemlerinde 10 ppb ve sütte 0,5 ppb olabilir. Ülkemizde de belli gıda maddeleri için izin verilen en yüksek aflatoksin B1 değeri 5 ppb ve toplam aflatoksin (B1+B2+G1+G2) değeri 10 ppb’dir.

Aflatoksin B1 ve toplam aflatoksin (B1+B2+G1+G2) miktarının belirlenmesinde farklı analiz yöntemleri kullanılmaktadır. Bunlardan biri yüksek performanslı sıvı kromatografisi yöntemidir (HPLC). HPLC cihazı ile yapılan analizlerde yüksek basınçta mobil faz verilmekte ve yüksek çözünürlükte ayırım yapılması sağlanmaktadır. Bir başka analiz yöntemi, sıvı kromatografisi - kütle - kütle spektrometresi yöntemidir (LC-MS/MS). Bu yöntem kimyasal analitik bir yöntemdir ve kütle spektrometresinin kütle analiz yetenekleri ile sıvı kromatografisinin fiziksel ayırma özellikleri birlikte kullanmaktadır.

Gelişmiş laboratuvarlarda mikotoksin analizleri kapsamında yerine göre HPLC ve LC-MS/MS yöntemlerinden biri kullanılarak aflatoksin B1 ve toplam aflatoksin (B1+B2+G1+G2) miktarlarının tayinine yönelik çalışmalar yapılmaktadır. Bu analizler sırasında, yerli ve yabancı kuruluşlar tarafından yayınlanan standartlar esas alınmaktadır.