Anaerobik mikroorganizmalar, gelişmeleri için özel hava koşullarına gerek duyar. Bu mirkoorganizmaların büyük bir kısmı gelişimleri için ortamda oksijene ihtiyaç duymazlar. Ancak küçük bir kısmı belli bir miktar oksijen kullanırlar. Anaerobik bakteriler insan ve hayvanların normal bakteriyel florası içinde bulunmaktadır.

Gıda maddelerinin hijyeni bakımından çok önemli olmalarına rağmen bugüne kadar anaerobik bakteriler üzerinde pek durulmamış, daha çok aerobik mikroorganizmalar üzerinden çalışılmıştır. Ancak özellikle son yıllarda anaerobik bakteriler daha iyi tanınmış ve bunlara verilen önem artmıştır.

Anaerobik bakteriler arasında gıda mikrobiyolojisi açısından clostridium türleri önem taşımaktadır. Anaerobik mikroorganizmaların yapıları, reaksiyonları ve doğal davranış şekilleri önemli değişikler gösterirken, hepsinin ortak yanı, gelişmeleri ve çoğalmaları için anaerobik ortama gerek duymalarıdır.

Anaerobik bakteriler genelde şu şekilde sınıflandırılmaktadır: anaerob gram negatif basiller, anaerob gram negatif koklar, anaerob gram pozitif basiller ve anaerob gram pozitif koklar. Her bir grub içinde farklı bakteri türleri bulunmaktadır.

Bir ortamda bakterilerin bulunmalarını ve faaliyet göstermelerini, çevre koşulları etkilemektedir. Bakterilerin gelişiminde, oksijen, sıcaklık, ortamın asitliği (pH değeri), nem ve basınç etkili olmaktadır. Bakterilerin çoğalmalarında en önemli faktör oksijendir. Oksijene olan ihtiyaçlarına göre ise bakteriler dört gruba ayrılmaktadır. Aeroplar, çoğalmak ve gelişmek için mutlaka oksijenli ortamda olmak zorundadır (örneğin asetik asit bakterileri gibi). Anaeroplar, oksijenli ortamda çoğalamazlar (örneğin clostridium cinsi bakteriler gibi). Fakültatif anaeroplar, oksijenli veya oksijensiz ortamda çoğalma ve gelişme gösterebilirler (örneğin laktik asit bakterileri gibi). Mikroaerofiller ise çok az miktarda oksijen varlığında üreyebilirler.

Gelişmiş laboratuvarlarda, mikrobiyolojik analizler çerçevesinde, anaerobik bakteri sayısı tayinine yönelik analizler yapılmaktadır. Bu çalışmalar sırasında ilgili yasal düzenlemelere ve yerli ve yabancı kuruluşlar tarafından çıkarılan standartlara uyulmaktadır.