Mikrobiyolojide bakteri kültürü, mikroorganizmalar, bakteriler ve diğer biyolojik varlıkları geliştirme yöntemidir. Bunun en güzel örneği olarak yenilebilen mantarların özel ortamlarda yetiştirilmesi gösterilebilir. Bunun yanı sıra laboratuvar çalışmalarında hastalıklara neden olan bakterilerin tespit edilmesi için de bakteri çoğaltma işlemleri yapılmaktadır. Mikrobiyolojide enfeksiyon hastalıklarına tanı koymak ve tedavi yollarını tespit etmek amacı ile bakteri kültürü en fazla kullanılan bir yöntemdir. Bu yöntemde enfeksiyon bölgesinden alınan bakteri örnekleri, uygun besi yerlerinde çoğaltılmakta, incelenmekte ve tanımlanmaktadır.

Bakteriler tek hücreli mikroskobik canlılardır. Bitkiler ve hayvanlar arasında farklı bir canlı kategorisi olarak kabul edilmektedir. Doğada, toprakta, suda, havada, hayvanlarda, bitkilerde ve insanlarda çok sayıda bakteri yaşamaktadır.

Bakterilerin insan yaşamı açısından önemi, hastalık yapan türlerinden kaynaklanır. Vücuda giren bakterilerin türü ve sayısı ile canlı organizmanın bağışıklık yeteneğine bağlı olarak çeşitli hastalıklar ortaya çıkmaktadır. Genelde bazı bakteriler, salgıladıkları zehirleyici maddeler ile hastalıklara neden olmaktadır. Bakteriler tarafından salgılanan bu zehirli maddelere ekzotoksin adı verilmektedir. Bu maddeler bakteri hücresinin yapısında bulunursa bunlara endotoksin adı verilmektedir. Bakteriler, türlerine bağlı olarak vücutta farklı yerlere yerleşmektedir. Örneğin streptokoklar boğaza yerleşmekte, stafilokoklar deri üzerine yerleşmekte, tüberküloz ve zatürree ise akciğerlere yerleşmekte ve çeşitli hastalıklara yol açmaktadır.

Bakterileri inceleyen mikrobiyoloji dalına bakteriyoloji denmektedir. Laboratuvar çalışmaları sırasında yada canlı metabiloizma tarafından bakterileri öldüren her türlü fiziksel ve kimyasal faktöre ise bakterisit denmektedir. Canlılarda hastlalıklara neden olan bakterileri tanımak ve tedavi yöntemleri geliştirmek için bakteri kültürü yöntemine başvurulmaktadır.

Gelişmiş laboratuvarlarda, mikrobiyolojik analizler çerçevesinde, gıda maddelerinde bakteri kültürü çalışmaları yapılmaktadır. Bu çalışmalar sırasında ilgili yasal düzenlemelere ve yerli ve yabancı kuruluşlar tarafından çıkarılan standartlara ve test yöntemlerine uyulmaktadır.