İnkübasyon çalışmalarının yapılabilmesi için bu işe özel inkübatör cihazları kullanılmaktadır. Bu cihazlar, inkübasyonun yapıldığı ve sıcaklığın ayarlanabildiği kabinlerdir. Ekimi yapılacak mikroorganizmaların özelliklerine bağlı olarak soğutmalı, vakumlu ya da karbondioksitli gibi çeşitlleri bulunmaktadır. Standart inkübatör cihazlarına genelde havalı inkübatör adı verilmektedir. Daha hassas inkübasyon çalışmaları inkübatör cihazında değil özel su banyosunda yapılmaktadır. Etüvler, daha çok kuru besiyerleri için kullanılan inkübatör cihazlarıdır.

Genel olarak mikroorganizmalar, diğer canlılar gibi metabolizmalarını enzimleri ile sağlamaktadır. Mantar ve bakterilerin, hücre içinde (endoenzimler) ve hücre dışında (ekzoenzimler) görev yapan çok güçlü enzimleri bulunmaktadır. Bu enzimler faaliyetleri sırasında çevre ısısından, ortamın pH değerinden ya da ortamda bulunan kimyasal maddelerden etkilenmektedir.

Mikroorganizmalar ikiye bölünerek ve çok hızlı bir şekilde çoğalırlar. Bir bakteri topluluğunda meydana gelen bölünmelere jenerasyon denmektedir. İki jenerasyon arasında geçen süre, genelde bakterinin çeşidi ve genetik yapısı yanında üreme ortamı koşullarına bağlıdır. Örneğin e. coli türünde bu süre, uygun bir besiyerinde bir saattir. Mikroorganizmalar ortama alıştıkları ve beslenmeye başladıkları anda metobolizmaları hızlanır ve üremeleri artar. Ortamda besin maddeleri ve oksijenin azalırsa, toksik maddeler artarsa üreme yavaşlar ve ölümler başlar. Bakterilerin türüne bağlı olarak bütün bakteriler ölebilir. Ancak canlı kalan birkaç bakteri, aylarca canlılığını sürdürebilir.

İnkübasyon işlemlerinde üç temel faktör bulunmaktadır: sıcaklık, süre ve hava koşulları. Analizi yapılacak mikroorganizmaların özelliklerine göre bu üç faktör tam olarak sağlanmak zorundadır.

Mikroorganizmaların inkübasyon süresi,

·         Sıvı besiyerlerinde, meydana gelen bulanıklık, zar oluşturma ve çöküntü gibi görünüm değişiklik süresini,

·         Katı besiyerinde, gözle görülebilir incelemeye uygun mikroorganizmaların koloni oluşturma süresini ifade etmektedir.

Yetkili laboratuvarlarda, mikrobiyolojik analizler kapsamında, 7 günlük inkübasyon (stabilite) çalışmaları yapılmaktadır. Bu çalışmalar sırasında yerli ve yabancı kuruluşlar tarafından çıkarılan standartlara ve test yöntemlerine uyulmaktadır.